Der Aufsichtsrat wird von der Gesellschafterversammlung für die Dauer von vier Jahren gewählt. Das Gremium besteht aus bis zu neun Mitgliedern, die sich sowohl aus Vertretern der Elternschaft als auch aus mindestens zwei Funktionsträgern des Bistums Limburg (kraft Amtes) zusammensetzt. Der Aufsichtsrat hat die Aufgabe die Geschäftsführung zu überwachen, zu beraten und insbesondere dafür Sorge zu tragen, dass die der Gesellschaft zur Verfügung stehenden Mittel wirtschaftlich eingesetzt werden. Der Aufsichtsrat lässt sich im Rahmen turnusmäßiger Sitzungen regelmäßig von der Geschäftsführung über die Situation der Gesellschaft berichten.

Als hundertprozentige Tochter des Bistums Limburgs wird die Gesellschafterversammlung vom Generalvikar/der Bischöflichen Bevollmächtigten des Bistum Limburg geführt. Die Gesellschafterversammlung ist das oberste Organ der St. Hildegard-Schulgesellschaft. Dieses Gremium ist u.a. für die Bestellung und Abberufung von Geschäftsführer:Innen sowie Prokuristen als auch für die Feststellung von Haushaltsplan, Stellenplan und Jahresabschluss zuständig. Die Gesellschafterversammlung tagt, wenn es im Interesse der Gesellschaft erforderlich ist, mindestens aber einmal im Jahr.