Die St. Hildegard-Schulgesellschaft mbH ist am 03.07.1995 durch Umfirmierung aus der Bischof-Neumann-Schulgesellschaft mbH hervorgegangen, die bereits im Jahr 1990 aus dem Albertus-Magnus-Kolleg/Haus der Begegnung, Königstein e. V. herausgelöst wurde. Mit dieser Umfirmierung und der Sitzverlegung von Königstein nach Limburg wurde beabsichtigt, eine Schulgesellschaft zu schaffen, die Trägerin der Schulen werden sollte, an denen sich das Bistum Limburg in der Vergangenheit bereits beteiligt hatte. Anfang der Neunziger Jahre waren für die St. Angela-Schule in Königstein sowie die St. Ursula-Schule in Geisenheim jeweils eigene Schulträgergesellschaften unter Mehrheitsbeteiligung des Bistums Limburg gebildet worden. Diese Strukturen waren aufgrund der zunehmenden finanziellen Belastungen und der sich abzeichnenden personellen Veränderungen der ehemaligen Schulträger notwendig geworden.

Diese für eine Übergangszeit adäquate dezentrale Trägerstruktur erwies sich bei einer Zunahme der Schulen, bei denen sich das Bistum an der Trägerstruktur beteiligte, als nicht mehr effizient. Als das Bistum Limburg als Mehrheitsgesellschafter (in 1993) und später als alleiniger Gesellschafter (in 1994) in die Bischof-Neumann-Schulgesellschaft mbH eintrat, gab es drei unabhängige Gesellschaften mit jeweils eigener Geschäftsführung und eigenem Aufsichtsrat, wobei diese Aufgaben zum Teil in Personalunion wahrgenommen wurden.

Im Vorfeld der Übernahme der Trägerschaft der Marienschule, zum 01.01.1996, wurde durch die Umfirmierung der Bischof-Neumann-Schulgesellschaft in die St. Hildegard-Schulgesellschaft mbH die Grundlage für eine einheitliche Schulträgergesellschaft geschaffen. Die zunächst favorisierte Bündelung in einer Stiftung wurde zugunsten der Struktur einer gemeinnützigen GmbH verworfen, da die Rechtsform einer GmbH eine größere Flexibilität ermöglicht.

Nachdem im Sommer 1997 die beiden bis dahin selbständigen Schulgesellschaften St. Angela und St. Ursula, rückwirkend zum 01.01.1997, durch Fusion in der St. Hildegard-Schulgesellschaft aufgegangen waren, war der Prozess der Straffung der Schulverwaltungsorganisation zunächst abgeschlossen.